Добрый день.
Цитата: Но в этом случае возникают обязанности налогового агента по НДФЛ, полагаю.
Неверно полагаете (пп. 2 п. 1 ст. 228 НК РФ).
Цитата: Есть ли у вас учредитель более 50 %
Не существенно, имущество приобретается для перепродажи, сомневаюсь, что оно год пролежит на складе (пп. 11 п. 1 ст. 251 НК РФ) и в вопросе черным по русски - куплено за наличку. О какой безвозмездности идет речь?
Цитата: какая у вас система налогообложения
Влияет только на ставку налога.
Цитата: есть ли у лица, продающего вам личный товар, документы на его покупку?
Вычет 250 000 рублей (пп. 1 п. 2 ст. 220 НК РФ).
Если имущество было в собственности более трех лет, то оно вообще НДФЛ не облагается (п. 17.1 ст. 217 НК РФ).
Итого в сухом остатке - оформляйте договор купли-продажи, акт приема передачи, оформляйте передачу денежных средств. Товары на балансе.
Физлицо подает 3-НДФЛ, применяет имущественный вычет или не подает, если владел имуществом более трех лет.